Biomarkörer i utandningsluft

19th June

TATAA inleder samarbete med PExA kring analys av biomarkörer i utandningsluft

PExA AB (”PExA”) och TATAA Biocenter har inlett ett samarbete med målsättning att utveckla analysmetoder som möjliggör att nya typer av biomarkörer kan upptäckas med PExAs teknologi.

I samarbetet kombineras PExAs unika teknologiplattform med TATAA Biocenters välrenommerade expertis inom biokemisk analys av biologiska prover. Projektet avser att utveckla nya och för PExA speciellt anpassade metoder för analys av en ny typ av biomarkörer som av medicinforskare anses ha stor potential.

> Read more

New metabolic checkpoint described

14th June

Researchers including TATAA describe new metabolic checkpoint in Nature Communications.

Alternative assembly of respiratory complex II connects energy stress to metabolic checkpoints

TATAA ska utveckla ultrakänsliga analys

14th June

Ultrakänsliga analyser för bättre hälsa och kriminalteknik (ULTRA-UDI)

Konsortium innefattande TATAA har erhållit finansiering av Vinnova för att utveckla ultrakänsliga analys, däribland TATAAs Two-tailed PCR teknik, som erbjuder överlägsen känslighet och specificitet.

> Read more

Small RNA in bodily fluids

4th June

Small RNA in bodily fluids

> Research article: Diversity and signature of small RNA in different bodily fluids using next generation sequencing

Background:

Small RNAs are critical components in regulating various cellular pathways. These molecules may be tissue-associated or circulating in bodily fluids and have been shown to associate with different tumors. Next generation sequencing (NGS) on small RNAs is a powerful tool for profiling and discovery of microRNAs (miRNAs).

Results:

In this study, we isolated total RNA from various bodily fluids: blood, leukocytes, serum, plasma, saliva, cell-free saliva, urine and cell-free urine. Next, we used Illumina’s NGS platform and intensive bioinformatics analysis to investigate the distribution and signature of small RNAs in the various fluids. Successful NGS was accomplished despite the variations in RNA concentrations among the different fluids. Among the fluids studied, blood and plasma were found to be the most promising fluids for small RNA profiling as well as novel miRNA prediction. Saliva and urine yielded lower numbers of identifiable molecules and therefore were less reliable in small RNA profiling and less useful in predicting novel molecules. In addition, all fluids shared many molecules, including 139 miRNAs, the most abundant tRNAs, and the most abundant piwi-interacting RNAs (piRNAs). Fluids of similar origin (blood, urine or saliva) displayed closer clustering, while each fluid still retains its own characteristic signature based on its unique molecules and its levels of the common molecules. Donor urine samples showed sex-dependent differential clustering, which may prove useful for future studies.

Conclusions:

This study shows the successful clustering and unique signatures of bodily fluids based on their miRNA, tRNA and piRNA content. With this information, cohorts may be differentiated based on multiple molecules from each small RNA class by a multidimensional assessment of the overall molecular signature.

Molecular microbiological identification and typing

1st June

Want to learn about Molecular microbiological identification and typing?

Join our 2-days course on the 26-27th of September, in collaboration with RISE!

The course provides an overview of techniques and gives advice on how to interpret the complex data that are generated. The course focuses on quantitative PCR, whole genome sequencing and metagenomics.

> Course description

> Registration

Whole transcriptome intracellular profiling of a single cell

30th May

The first whole transcriptome intracellular profiling study of a single cell published by TATAA Biocenter researchers in collaboration with BTU, revealing intracellular mRNA, lncRNA and protein gradients that give rise to asymmetric cell division.

> Read the publication: Asymmetric distribution of biomolecules of maternal origin in the Xenopus laevisegg and their impact on the developmental plan

GenEx presentation on RNA-days

22nd May

Listen to Dr. Mikael Kubista present GenEx on RNA-days in Gothenburg!

Publication on human oocyte maturation from TATAA Biocenter and coworkers

21st May

Human oocyte maturation in vitro is improved by co-culture with cumulus cells from mature oocytes

> Read the publication

Abstract

The conventional method of human oocyte maturation in vitro in the presence of gonadotrophins continues to be a relatively low-success procedure in the assisted conception programme owing to suboptimal maturation conditions in the absence of an ovarian ‘niche’ and poor understanding of this procedure at the molecular level in oocytes.

In this study, the gene expression profiles of human oocytes were analysed according to their manner of maturation: in vivo (in the ovaries) or in vitro (matured either by the conventional method or by a new approach – co-cultured with cumulus cells of mature oocytes from the same patient). Our results show that the in-vitro maturation procedure strongly affects the gene expression profile of human oocytes, including several genes involved in transcriptional regulation, embryogenesis, epigenetics, development, and the cell cycle. The in-vitro maturation of oocytes co-cultured with cumulus cells from mature oocytes provides an ovarian ‘niche’ to some degree, which improves oocyte maturation rates and their gene expression profile to the extent that they are more comparable to oocytes that naturally mature in the ovarian follicle.

Technical seminar

18th May

Assay design & validation for gene expression & SNP genotyping

During this seminar, co-organized by TATAA Biocenter AB and Integrated DNA Technologies (IDT), you will learn about the workflow for proper assay design and validation.

We will focus on the tools that help you achieve relevance, accuracy, correct interpretation and repeatability. We will also cover how to design and wet-lab validate your assays, and which controls  to include.

The seminar will be held at 5 locations:


Presenters:

Jens Björkman MSc, Director Commissioned Services, TATAA Biocenter

Dr. Richelle Spanjers, Field Application Specialist qPCR & Genotyping, IDT

 

Presenters:

Prof. Mikael Kubista, Founder of TATAA Biocenter

Dr. Richelle Spanjers, Field Application Specialist qPCR & Genotyping, IDT


The seminar is free of charge and a light lunch will be served to all registered attendees. Feel free to share this invitation with your colleagues.


Featured products

  • PrimeTime qPCR predesigned assays for human, mouse and rat. These assays are synthesized using current sequence information and have guaranteed performance.
  • Double-Quenched ZEN probes have consistently low background, reduced C q values, improved precision, and enable the use of longer probes.
  • rhAmp SNP Genotyping – a superior SNP discrimination system based on rhPCR technology. The system increases the signal-to-noise ratios and leads to improved cluster separation and higher confidence genotyping calls.
  • gBlock Gene Fragments are sequence-verified, double-stranded DNA fragments for affordable and easy qPCR standards.

Do not hesitate to contact us if you have any questions.

Welcome!

Best regards,

Anna & Alicia, IDT

Petra & Petra, TATAA Biocenter

 

Work at TATAA

14th May

Open positions

Laboratorieassistent, BMA, civilingenjör – Bioteknik

TATAA Biocenter AB är ledande i Europa inom RNA, DNA och proteinanalyser med qPCR, NGS och mikrochipteknologier. Vi erbjuder utbildningar inom molekylär diagnostik globalt, ackrediterade analystjänster till industrin och teknisk support till akademiska och statliga laboratorier. Vi har utvecklat flera egna produkter för qPCR analys, särskilt inom kvalitetssäkring, och kompletterat med produkter från andra leverantörer. Idag har vi ett av marknadens mest kompletta utbud av qPCR och NGS produkter i Sverige med överlägsen teknisk- och applikationssupport. Vi behöver nu förstärkning till vår produktions- och kvalitetskontrollenhet och söker en person med laborativ erfarenhet till verksamheten i Göteborg.

Placering och Ansvar
• Tjänsten är placerad i en grupp med gruppledare som närmaste chef inom företagets F&U enhet
• Du arbetar med produktion, produktvalidering, kvalitetskontroll och andra laborativa uppgifter inkl. analyser åt kunder.
• Du ansvarar för genomförande av laborativa uppgifter relaterade till molekylära analyser och kvalitetssäkring
• Du ansvarar för sammanställning av resultat och rapportering
Arbetsuppgifter:
• Planera projekts utförande
• Genomförande av laborativa mätningar innefattande provberedning, RNA/DNA/Protein-analys, och databearbetning.
• Sammanställa, tolka och rapportera resultat
• Planera för produktion
• Instruera i laborativa utbildningar

Vem är du?
• Du har goda kunskaper om molekylära metoder
• Du är tekniskt intresserad
• Du har bioteknisk, biologisk, eller medicinsk utbildning från högskola eller universitet
• Du är kunnig inom nukleinsyreanalys och har gärna goda kunskaper inom qPCR och/eller NGS teknik
• Du har god analytisk förmåga
• Du är kvalitetsorienterad
• Du är intresserad av nukleinsyreanalys och dess möjligheter
• Du har laborativ erfarenhet och trivs bra med att arbeta i laboratorium
• Du är mycket noggrann
• Du är bra på att kommunicera såväl i tal som skrift på engelska och svenska
• Du är resultatorienterad och van vid att arbeta självständigt
• Du är lagmänniska och kan se hur ditt ansvar passar in i bolagets totala verksamhet

Varaktighet/Arbetstid

Provanställning kan vara aktuell

Heltid

Tillträde: enligt överenskommelse

Ansökan

Sista ansökningsdag: 2018-06-10.

Ansökan inges via email innefattande ansökningsbrev, cv, examens inkl. betygsutdrag och kontaktinformation till referenser.

Kontaktperson

Robert Sjöback, forskningschef

Mail: robert.sjoback@tataa.com

Postadress TATAA Biocenter
Odinsgatan 28
411 03 Göteborg
Sweden